Để giải quyết được mục tiêu triển khai thực hiện dự án, việc tìm, bố trí được nguồn vốn hợp lý là vấn đề hết sức cần thiết, thậm trí còn gặp nhiều gian nan do những nguồn vốn truyền thống đang có xu thế thu hẹp lại trong giai đoạn tới. Những nguồn vốn truyền thống thời gian qua đầu tư cho hạ tầng chủ yếu là: nguồn vốn nguồn vốn NSNN tự cân đối, nguồn vốn vay (trái phiếu chính phủ, ODA và nguồn vốn vay ưu đãi). Huy động nguồn vốn từ khu vực tư nhân thông qua mô hình hợp tác công - tư (PPP) tập trung vào các dự án của ngành Giao thông đã đạt được kết quả nhất định; song nguồn vốn tư nhân hầu hết là huy động từ các ngân hàng thương mại trong nước.
Những khó khăn về vốn đầu tư cơ sở hạ tầng:
- Nguồn vốn ngân sách
Nghị quyết số 26/2016/QH14 về kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020 do Quốc hội thông qua ngày 10/11/2016 đã xác định mục tiêu: Cơ cấu lại và nâng cao hiệu quả sử dụng vốn đầu tư công, thu hút tối đa và sử dụng có hiệu quả các nguồn vốn đầu tư phát triển, hoàn thiện cơ bản hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội thiết yếu, phục vụ cho việc thực hiện các mục tiêu Kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 5 năm 2016-2020 và cơ cấu lại nền kinh tế giai đoạn 2016-2020.

Nghị quyết cũng đề ra 4 định hướng lớn, đó là:
a) Tập trung bố trí vốn để đẩy nhanh tiến độ và hoàn thành các chương trình mục tiêu quốc gia, dự án quan trọng quốc gia, các dự án trọng điểm, cần thiết, cấp bách làm cơ sở đẩy mạnh sự phát triển kinh tế - xã hội của cả nước, có tính kết nối và lan tỏa vùng, miền; khai thác tối đa, sử dụng hiệu quả nguồn vốn của các thành phần kinh tế khác. Không bố trí vốn đầu tư phát triển nguồn NSNN vào các lĩnh vực, dự án mà các thành phần kinh tế khác có thể đầu tư;
b) Ưu tiên vốn đầu tư từ nguồn NSNN cho các vùng miền núi, biên giới, hải đảo, vùng đồng bào dân tộc thiểu số, vùng sâu, vùng xa, vùng thường xuyên bị thiên tai, bão lũ và các vùng có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; hỗ trợ về nhà ở đối với hộ người có công với cách mạng; các nhiệm vụ ứng phó biến đổi khí hậu, phòng, chống, khắc phục tình trạng hạn hán ở các tỉnh Tây Nguyên và Nam Trung Bộ, xâm nhập mặn ở các tỉnh Đồng bằng sông Cửu Long, sự cố ô nhiễm môi trường biển ở 4 tỉnh miền Trung;
c) Việc sử dụng vốn NSNN giai đoạn 2016-2020 đầu tư cho các ngành, lĩnh vực, các chương trình phải tuân thủ theo quy định tại Nghị quyết số 1023/NQ-UBTVQH13 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về nguyên tắc, tiêu chí và định mức phân bổ vốn đầu tư phát triển nguồn NSNN giai đoạn 2016-2020;
d) Đối với tiền bán vốn Nhà nước tại một số DN, ưu tiên đầu tư cho các dự án quan trọng, mang lại hiệu quả kinh tế - xã hội cao.
- Vốn vay ODA 
Theo http://cafef.vn: Việt Nam vẫn “khát vốn” đầu tư vào cơ sở hạ tầng dù dẫn đầu Đông Nam Á. Việt Nam thoát khỏi nhóm nước có thu nhập thấp chuyển sang nhóm nước có thu nhập trung bình, nguồn ODA đang dần bị cắt giảm. Trong thời gian qua, các nước Anh, Đan Mạch, Na Uy, Phần Lan, Tây Ban Nha,… đã dừng hoặc giảm dần cung cấp ODA cho Việt Nam. Đặc biệt, Ngân hàng Thế giới (WB) đã đưa ra dự kiến thời điểm dừng vốn ODA cho Việt Nam trong 1 – 2 năm nữa. ADB cũng thông báo dừng vốn ODA cho Việt Nam trong thời gian tới. Không chỉ suy giảm về lượng, dường như các nguồn ODA cũng trở nên “đắt đỏ” hơn khi đi kèm với các điều khoản khắt khe. Dự kiến đến tháng 7/2017, các nguồn ODA WB dành cho Việt Nam sẽ chuyển sang điều khoản trả nợ nhanh gấp đôi hoặc lãi suất tăng lên từ 4% - 5%. , Do đó ODA vào Việt Nam đang suy giảm về lượng và tăng về giá. 
- Vốn BOT:
Thuật ngữ BOT là viết tắt của cụm từ (Build – Operate - Transfer) hay còn gọi là Hợp đồng xây dựng - kinh doanh - chuyển giao trong kinh tế. Theo Khoản 3, Điều 3, Nghị định về Đầu tư theo hình thức Đối tác Công tư Hợp đồng thì Xây dựng - Kinh doanh - Chuyển giao là hợp đồng được ký giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền và nhà đầu tư để xây dựng công trình kết cấu hạ tầng; sau khi hoàn thành công trình, nhà đầu tư được quyền kinh doanh công trình trong một thời hạn nhất định; hết thời hạn, nhà đầu tư chuyển giao công trình đó cho cơ quan nhà nước có thẩm quyền. 
Với nguồn vốn này, việc hợp lý giữa nhà đầu tư, nhà nước và người dân quanh khu vực dự án là vấn đề cần nghiên cứu, quan tâm nhất. Hợp đồng BOT điện là một dạng hợp đồng phức tạp, đa dạng. Đối với dự án BOT điện có sự tham gia của nhà đầu tư nước ngoài thì những yêu cầu lại càng chặt chẽ. Mặc dù Nghị định số 15/2015/NĐ-CP về đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP) đã đưa ra những quy định cần thiết nhằm hướng dẫn việc triển khai các dự án BOT.
- Vốn BT: 
Nhà đầu tư làm dự án rồi chuyển giao cho Nhà nước, có thể được thanh toán bằng quỹ đất, bằng tiền. Đầu tư theo hình thức BT (xây dựng - chuyển giao), còn gọi là đổi đất lấy hạ tầng, tùy thỏa thuận có sự góp vốn của Nhà nước, đang được các nhà đầu tư ưa thích, khi cơn sốt bất động sản trở lại. Tuy nhiên cần quản lý chặt hơn dự án BT.
 

Vốn BOT, BT và một số vốn khác bản chất là vốn tư nhân tham gia thực hiện dự án đầu tư cơ sở hạ tầng của Nhà nước. “BOT/BT là nhằm thu hút vốn tư nhân, nhưng nếu tất cả là vốn vay và được nhà nước bảo lãnh thì thực chất vẫn là đầu tư nhà nước nhưng theo hình thức nếu có lợi thì chủ đầu tư được hưởng, còn nếu thua lỗ thì Nhà nước gánh chịu”. 
Một ví dụ điển hình về việc gian nan và cũng là bài học kinh nghiệm trong việc định hình nguồn vốn để thực hiện dự án đầu tư cơ sở hạ tầng trọng điểm, theo nguồn Báo điện tử Kinh tế & Đô thị:
Do tầm quan trọng và tính cấp thiết của tuyến đường đối với nhu cầu dân sinh, DA cải tạo, nâng cấp QL6 đoạn Ba La - Xuân Mai đã được đưa vào danh mục 52 công trình hạ tầng giao thông trọng điểm của Hà Nội giai đoạn 2016 - 2020. Hiện, đoạn tuyến từ Km19+920 – Km22+220 đã được UBND TP Hà Nội giao cho huyện Chương Mỹ thực hiện đầu tư bằng nguồn vốn ngân sách. 20,9km còn lại cần vốn đầu tư lên đến trên 8.800 tỷ đồng. Lãnh đạo Sở GTVT cho biết, TP đã từng đề xuất phương án sử dụng vốn vay ODA của Ngân hàng Thế giới để thực hiện DA nhưng bất thành. Tháng 9/2016, TP lại tiếp tục có đề xuất với Bộ GTVT cho thực hiện đoạn tuyến từ Xuân Mai - Chúc Sơn (15,78km) theo hình thức BOT, giao cho nhà đầu tư BOT QL6 đoạn Xuân Mai - Hòa Bình tiếp tục triển khai. Tuy nhiên, cả Bộ GTVT lẫn nhà đầu tư đều từ chối; mặt khác nếu thực hiện theo phương án này sẽ có thêm một trạm thu phí BOT gần với trạm thu phí Lương Sơn (Hòa Bình) hiện nay, gây khó khăn cho người dân. Do đó, với sự đồng thuận của Thành ủy, HĐND, UBND TP Hà Nội đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ xin thực hiện DA theo hình thức BT và đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt cho áp dụng hình thức chỉ định thầu trực tiếp.
-----------------------------------------------------------------------------------

Điều 3 Khoản 17, 18 và 19 của Luật Đầu tư 2005 đưa ra định nghĩa của các loại hợp đồng này như sau:

• BOT là gì?

• BTO là gì? 

• BT là gì?